Congé longue maladie fonction publique : conditions, durée 2026

Qu’est-ce que le congé de longue maladie (CLM) ?

Le congé de longue maladie permet à un fonctionnaire titulaire de cesser temporairement son activité lorsqu’une pathologie rend l’exercice des fonctions impossible, nécessite des soins prolongés et présente un caractère invalidant et de gravité confirmée. Pendant ce congé, l’agent conserve son poste et perçoit une rémunération, selon des règles qui varient suivant le versant de la fonction publique.

La durée maximale du CLM est de 3 ans, utilisable en continu ou de façon discontinue (article L.822-6 du code général de la fonction publique). La prise en charge financière diffère entre la fonction publique d’État et les fonctions publiques territoriale et hospitalière.

L’essentiel

• Le CLM est accordé pour 3 ans maximum, en continu ou par périodes.
• La rémunération est de 100 % du traitement la première année, puis 60 % pour l’État ou 50 % pour les versants territorial et hospitalier les deux années suivantes.
• Il est réservé aux fonctionnaires titulaires et nécessite une maladie grave, invalidante et nécessitant des soins prolongés.
• Depuis le 29 juillet 2026, le renouvellement du CLM est simplifié (fin de l’avis du conseil médical en formation restreinte après la première année) et les durées d’accord sont harmonisées.

Conditions pour bénéficier d’un CLM

Le CLM est ouvert à tout fonctionnaire titulaire, quel que soit son versant (État, territorial ou hospitalier). Les trois conditions cumulatives posées par l’article L.822-6 du code général de la fonction publique sont les suivantes :

• la maladie met l’agent dans l’impossibilité d’exercer ses fonctions,
• elle nécessite un traitement et des soins prolongés,
• elle présente un caractère invalidant et une gravité confirmée.

Aucune liste de pathologies n’est fixée par la loi. C’est le conseil médical (ou le médecin agréé) qui apprécie, au vu des pièces médicales fournies, si ces conditions sont remplies.

Durée maximale et règles de renouvellement

La durée totale du CLM ne peut excéder 3 ans (article L.822-6). Les périodes de congé peuvent être accordées de manière continue ou discontinue, mais un fonctionnaire qui a déjà épuisé ses 3 ans de CLM ne peut en obtenir un nouveau que s’il a repris ses fonctions pendant au moins 1 an (article L.822-11).

La réforme issue du décret n° 2026-705 du 29 juillet 2026, applicable à compter du 31 juillet 2026, modifie la procédure :

• Le CLM est désormais accordé ou renouvelé pour une durée maximale de 6 mois sur présentation d’un avis médical (contre 3 à 6 mois auparavant).
• La saisine pour avis du conseil médical en formation restreinte est supprimée pour le renouvellement après la période rémunérée à plein traitement, ce qui simplifie les démarches administratives.

Ces dispositions s’appliquent à l’ensemble des agents publics civils et militaires, y compris ceux relevant d’un CLM.

Rémunération pendant un CLM

Le traitement est maintenu selon le barème suivant, fondé sur l’article L.822-8 du code général de la fonction publique et le décret n° 2024-641 du 27 juin 2024 pour l’État.

Le montant du demi-traitement (50 %) ou des 60 % est calculé sur le traitement indiciaire brut du fonctionnaire, sans prise en compte des primes et indemnités. Les modalités de maintien de ces éléments accessoires varient selon l’employeur et ne sont pas fixées par la loi. Nous vous invitons à vérifier ces points auprès de votre service RH.

Démarches pour demander un CLM

1. Consultez votre médecin traitant ou spécialiste et faites établir un certificat médical détaillé décrivant la pathologie, sa gravité et la nécessité de soins prolongés.
2. Adressez une demande écrite à votre administration employeur (direction des ressources humaines ou autorité territoriale), accompagnée du certificat médical et, le cas échéant, d’autres pièces médicales demandées.
3. L’administration soumet le dossier au conseil médical (ou au médecin agréé) qui rend un avis sur le bien-fondé du CLM.
4. L’autorité compétente prend une décision d’octroi ou de refus. L’octroi initial est généralement accordé pour une période de 3 à 6 mois (désormais 6 mois maximum depuis le 31 juillet 2026).
5. Pour chaque renouvellement, un nouvel avis médical est requis. Notez que la saisine du conseil médical en formation restreinte n’est plus obligatoire après la première année de plein traitement.

Points de vigilance : conservez tous les justificatifs médicaux, respectez les délais de transmission, et informez votre service RH de tout changement de situation médicale. Un refus peut être contesté devant le conseil médical supérieur ou le tribunal administratif.

Différences entre les trois versants de la fonction publique

La principale différence porte sur la rémunération des 2e et 3e années. Depuis le 1er septembre 2024, la fonction publique d’État verse 60 % du traitement, tandis que la fonction publique territoriale et la fonction publique hospitalière restent à 50 %.

Les règles d’octroi, de durée et la procédure sont, elles, identiques pour tous les versants. La réforme de juillet 2026 s’applique uniformément.

CLM et congé de longue durée (CLD) : quelles différences ?

Le congé de longue durée (CLD) est un dispositif distinct, réservé à cinq affections particulièrement graves (tuberculose, maladie mentale, affection cancéreuse, poliomyélite, déficit immunitaire grave et acquis). Sa durée maximale est de 5 ans. Le CLM, lui, couvre toute maladie remplissant les conditions de gravité et de soins prolongés, sans liste limitative.

Les deux congés ne peuvent se cumuler et obéissent à des régimes de rémunération différents. Un fonctionnaire peut basculer de l’un à l’autre si les conditions médicales évoluent, après avis du conseil médical.

Questions fréquentes

Comment est calculé le demi-traitement en CLM ?

Le demi-traitement représente 50 % du traitement indiciaire brut (indice majoré multiplié par la valeur annuelle du point d’indice). Les primes et indemnités ne sont pas comprises dans ce calcul, sauf dispositions particulières propres à certains employeurs. Pour les agents de l’État, le taux est désormais de 60 %.

Peut-on travailler à temps partiel pendant un CLM ?

Le CLM implique une cessation totale des fonctions. Le temps partiel thérapeutique peut être envisagé à l’issue du congé, lors de la reprise, si le médecin le préconise et après accord de l’administration.

Quelles sont les maladies qui ouvrent droit au CLM ?

Aucune liste n’est fixée par les textes. Le conseil médical évalue souverainement la gravité et le caractère invalidant de la pathologie. Les cancers, maladies cardiovasculaires lourdes, pathologies neurologiques sévères ou rhumatismes invalidants sont fréquemment reconnus, mais chaque situation est examinée individuellement.

Quel est le meilleur choix entre CLM et CLD en 2026 ?

Le CLD offre une durée de 5 ans contre 3 ans pour le CLM, mais il est strictement limité à cinq pathologies. Si votre maladie figure dans cette liste, le CLD peut être plus protecteur. Pour toute autre affection grave, seul le CLM est mobilisable. Votre médecin et le conseil médical déterminent ensemble le cadre le plus adapté.

Un fonctionnaire en CLM peut-il être licencié ?

Non. Pendant la durée du CLM, le fonctionnaire bénéficie d’une protection statutaire et ne peut être ni licencié ni mis à la retraite d’office. À l’issue du congé, si l’agent est déclaré définitivement inapte à toutes fonctions, une procédure de reclassement ou de mise à la retraite pour invalidité peut être engagée.

Depuis 2026, comment le CLM est-il accordé ?

La réforme du 29 juillet 2026 simplifie la procédure : le CLM est accordé ou renouvelé par périodes de 6 mois maximum sur présentation d’un avis médical, et le renouvellement après la première année de plein traitement ne nécessite plus l’avis du conseil médical en formation restreinte. Les premières prescriptions d’arrêt sont limitées à 31 jours, les prolongations à 62 jours, ce qui fluidifie l’entrée éventuelle dans un CLM.

Pratique responsable

Les règles exposées dans cet article dépendent de votre statut, de votre employeur et de votre situation médicale personnelle. Elles sont fondées sur les textes en vigueur à la date du 18 août 2026. Nous vous invitons à vérifier les modalités précises auprès de votre service des ressources humaines et, le cas échéant, à consulter les textes officiels publiés sur Légifrance ou Service-Public.fr. Cet article est une information générale et indépendante, il ne remplace pas l’avis d’un professionnel de santé ni la décision de votre administration.